按照目前的編制，水警總區有超過2,300名警務人員及180名文職人員。
水警總區指揮官一職由一名警務處助理處長擔任，其下有一名總警司階級的副指揮官，二人的辦公室設於西灣河水警總部，該處亦是水警總區行動科、行政科及支援科的辦公地方。