支援科由一名高级警司指挥，负责监察水警总区内海事方面的专业水准及需要，确保人员能够有效地执行日常任务。支援科分为四个部分，即支援课、海事实务标准课、机械课及水警训练学校，并於2015年成立一个短期的项目执行组，肩负起管理水警总区水警船队汰换计划的任务。
