按照目前的编制，水警总区有超过2,300名警务人员及180名文职人员。
水警总区指挥官一职由一名警务处助理处长担任，其下有一名总警司阶级的副指挥官，二人的办公室设於西湾河水警总部，该处亦是水警总区行动科、行政科及支援科的办公地方。