2019冠状病毒病的疫情为深水埗警区带来史无前例的挑战。在这段非常时期，深水埗警区的前线军装人员三度被卫生署列为密切接触者，并须接受隔离。当中两次人员被列为密切接触者的原因是与日常必要的前线工作有关，包括在医院内执行看守被拘留人士的职务及处理尸体发现案件，而须接受隔离的人员更多达二十四名。

深水埗警区管理层主动聆听及了解受影响人员在接受隔离时的需要和关注，与人员保持紧密联系，送上慰问卡及物资，为人员及其家人提供适切支援。八月下旬及九月中旬，深水埗警区指挥官何启轩在人员完成隔离后，亲身到他们所属的分区探访，并表扬人员在疫情下仍然发挥专业精神，坚守岗位。人员亦感谢警区上下的关心及支持。